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首都兒科研究所的前身是中國醫學科學院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以研究兒童保健兒科疾病為重點，兼有醫療教學和預防任務的應用醫學研究機構1983年歸屬北京市衛生局并在中國醫學科學院腫瘤醫院舊址上組建附屬兒童醫院，1986年附屬兒童醫院正式開院全所現有員工830余人，其中專業技術人。