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空軍特色醫學中心不歸衛健委管，歸中國人民解放軍空軍總醫院管。

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2017年轉隸空軍，原空軍航空醫學研究所并入后組建空軍軍醫大學，2018年，原空軍總醫院與原空軍航空醫學研究所合并組建空軍特色醫學中心，隸屬學校學校1959年被中共中央確定為全國首批20所重點大學之一，1981年成為全國首批碩士博士學位授權院校1995年進入軍隊重點建設院校行列，1997年成為國家首批22所“211工程。