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首都兒科研究所前身是中國醫學科學院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以研究兒童保健兒科疾病為重點，兼有醫療教學和預防任務的應用醫學研究機構研究所先后10次獲得北京市屬科研院所“改革與發展”一等獎，18次。