呼吸科創立于20世紀60年代，是醫院優勢學科，也是我國最早成立的兒童呼吸專科，具有悠久歷史。多年來一直是我國兒科呼吸專業領域醫療、科研和教學的中心，以及兒童呼吸系統疑難疾病的診斷治療和科學研究中心。同時是上海交通大學兒童呼吸道感染性疾病診治中心及兒童哮喘診治分中心，是兒科呼吸專業國家臨床藥物實驗基地。呼吸科在陸敏主任醫師的帶領下，努力奮斗，開拓進取、積極向上，建立了一支具有先進醫療水平和服務意識理念，集醫療、教學、科研為一體的學科團隊。

自2014年3月瀘定路院區啟用運行以來，科室兩院同時運行。其中，北京西路院區開放床位52張，包含感染、哮喘/過敏、肺間質病、睡眠障礙、呼吸生理和肺功能等亞專科，開展了多項與呼吸性疾病相關的新技術和新項目。擁有設施齊全的專科病區(普通、A類和特需不同層次床位)。呼吸科門診包括呼吸專科門診、專家門診、特需專科門診和哮喘與咳嗽專病門診，可以滿足廣大患有呼吸系統疾病患兒和家長的多層次需求。擁有目前各種國內外先進診療設備和設施，如兒童電子支氣管鏡室、肺功能室、特異性免疫治療室、睡眠監測室、LPR檢測室和霧化中心等，為兒童呼吸系統的診斷和治療、護理提供了可靠地保障。目前主任醫師1人，副主任醫師4人，主治醫師5人，副主任護師1人，主管護師6人及多名專科住院醫師和經驗豐富的專業護師。同時擁有專業實驗研究團隊。團隊成員多年來承擔了多項國際和國內重大科研項目,發表核心期刊論著近百篇。是上海、華東地區各大醫院兒科醫療和護理教學基地，承擔了上海市兒科住院醫師規范化培訓和全科醫師的培訓工作。作為上海交通大學醫學院、江蘇南通大學醫學院、江蘇揚州大學醫學院和其他高等醫學院校研究生、本科、大專兒科臨床教學和實習的搖籃，為國內兒科呼吸領域培養了大批優秀專科醫療護理人才。