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醫院原為解放軍第四六五醫院，始建于1954年，1996年被總后衛生部批準為“三級甲等”綜合性醫院，2004年8月27日隨第四軍醫大學吉林軍醫學院整體移交吉林省政府管理并更名為吉林醫藥學院附屬醫院。

吉林醫藥學院的前身是1952年組建的東北軍區空軍長春護士訓練隊，1954年8月，更名為空軍461醫院附屬高級護士學校1993年6月，更名為空軍醫學高等專科學校2004年8月，經國務院中央軍委批準，學校由軍隊整體移交吉林省，定名為。